Kematian Palsu Dmitry tidak menghentikan Masalah. Perang saudara terus berlanjut, meliputi tanah baru, penyamar baru muncul. Pada bulan pertama pemerintahannya, Vasily Shuisky terpaksa menekan beberapa percubaan persembahan oleh kelas bawah bandar Moscow. Di Moscow, mereka takut raja Poland Sigismund akan memulakan perang untuk menggulingkan penyamar dan pemukulan orang Polandia. Oleh itu, dari beberapa ribu tetamu Poland dan tentera upahan False Dmitry yang selamat dari pemberontakan Mei di Moscow, hanya orang biasa yang dibebaskan, dan orang-orang bangsawan ditinggalkan sebagai tebusan, diberi pemeliharaan yang baik dan diedarkan di bawah pengawasan di berbagai kota. Shuisky melanggar etika diplomatik dan bahkan menahan kedutaan Poland Gonsevsky di Moscow.
Namun, ketakutan ini sia-sia. Poland sendiri mengalami masa yang sukar. Orang Polandia memulakan perang dengan Sweden dan merebut kembali kota Pernov (Pärnu) darinya di Livonia. Selain itu, Zaporozhye Cossack, yang dipimpin oleh Hetman Sagaidachny, melakukan sejumlah serangan yang berjaya dan menjarah Kafa dan Varna. Ini membuat marah Uthmaniyyah dan mereka menyatakan perang terhadap Komanwel. Benar, kekuatan utama tentera Turki dikaitkan dengan perang dengan Parsi dan pasukan pembantu dihantar melawan Poland, dan orang Polandia menangkis serangan itu. Di Poland sendiri, beberapa pembesar yang tidak berpuas hati dengan kebijakan raja menimbulkan keributan. Negara ini dilanda perang saudara. Oleh itu, orang Poland tidak mempunyai masa untuk Moscow.
Oleh itu, Moscow mengabaikan ancaman yang lebih serius - ancaman dalaman. Bagaimanapun, masalah yang menyebabkan Masalah tidak dapat diselesaikan. Dan ancaman luaran memainkan peranan penting, tetapi bukan peranan utama. Provinsi itu marah: Boyar Duma memilih tsar tanpa sokongan yang diperlukan dari semua negeri. Ternyata boyar membunuh "tsar baik" dan merebut kekuasaan, menyerahkan takhta kepada "boyar tsar". Provinsi itu sangat menggembirakan: istilah pencarian buronan meningkat kepada 15 tahun; anggota tentera mengingati anugerah False Dmitry yang murah hati; penduduk selatan takut akan pembalasan dan keganasan (seperti di bawah Godunov) kerana membantu penyamar; bimbang dengan Cossack, yang secara aktif menyokong pembohong; Shuisky menyingkirkan penyokong Salah Dmitry, menghantar mereka pergi dari ibu kota, banyak yang dihantar ke wilayah perbatasan selatan.
Pada musim panas tahun 1606, pemberontakan spontan melanda seluruh selatan negara itu, yang diganggu oleh desas-desus tentang "keselamatan Tsar Dmitry yang baik." Pusat perjuangan menentang raja baru di Tanah Utara adalah "ibu kota" penyamar pertama - Putivl. Di sini penduduk kota pemberontak, para petani, memilih Ivan Bolotnikov, yang datang kepada mereka dengan detasemen, sebagai "komandan besar". Ivan Bolotnikov, menurut versi yang paling meluas, adalah pelayan Putera Telyatevsky. Pada masa mudanya, dia melarikan diri dari tuannya ke padang rumput ke Cossack, di sini dia ditangkap oleh orang-orang Tatar dan dijual sebagai hamba kepada orang Turki. Dia menghabiskan beberapa tahun dalam perbudakan, di dapur sebagai pendayung. Setelah pertempuran laut yang tidak berjaya dengan kapal Kristian untuk orang Turki, dia dibebaskan dan menuju ke Venice, di mana dia tinggal di sebuah kompleks perdagangan Jerman. Dari sini, setelah mendengar cerita mengenai permulaan Masalah di negara Rusia, Bolotnikov bergerak melalui Jerman dan Poland ke Rusia. Khabar angin tentang "keselamatan ajaib" dari Tsar Dmitry dari Moskow membawa Ivan ke Sambor, di mana buronan Moskow Mikhail Molchanov, bekas sekutu palsu Dmitry I. Molchanov, bersembunyi dengan isterinya Yuri Mnishek Yadviga, dan menampilkan dirinya sebagai raja. Pengembara ini memperkenalkan dirinya kepada Bolotnikov sebagai tsar yang telah melarikan diri setelah rampasan kuasa Mei di Moscow. Penipu baru bercakap dengan Bolotnikov untuk waktu yang lama, dan kemudian memberikannya surat kepada Putera Grigory Shakhovsky dan menghantarnya ke Putivl sebagai utusan peribadinya dan "voivode besar".
Sebenarnya, perang saudara telah memasuki fasa aktif. Tentera Bolotnikov merangkumi ladang dan kumpulan sosial utama negara Rusia: petani dan hamba, Seversk, Terek, Volga dan Zaporozhye Cossack, wakil bangsawan. Selain itu, pemberontakan itu disokong oleh wakil bangsawan, di antaranya Putera Grigory Shakhovsky dan Chernigov voivode Andrei Telyatevsky, bekas pemilik Bolotnikov.
Pada musim panas 1606, 30 ribu. Tentera Bolotnikov berpindah ke Moscow. Benteng Kromy dan Yelets ditawan, gudang senjata yang kaya yang mengisi semula simpanan pemberontak. Pasukan pemerintah di bawah arahan gabenor para pembesar Vorotynsky dan Trubetskoy dikalahkan di Kromy dan Yelets. Banyak tentera dari pasukan tsar pergi ke sisi pemberontak. Dengan memanfaatkan kesalahan para gabenor tsar, pemberontak dengan cepat maju ke Moscow. Semakin banyak detasmen petani yang memberontak dicurahkan ke dalam tentera Bolotnikov. Lebih jauh lagi, dalam perjalanan ke Moskow, sejumlah besar bangsawan layanan bergabung dengan Bolotnikov, yang menentang tsar boyar Shuisky. Gabenor kanan Ryazan, Prokopy Lyapunov dan yang lebih muda - Grigory Sumbulov, mengetuai milisi Ryazan, yang berpusat di Istoma Pashkov - pemimpin besar yang melayani. Tula, Kashira, Kaluga, Mozhaisk, Vyazma, Vladimir dan Astrakhan memberontak. Di Volga, orang Mordovians dan Mari (Cheremis) memberontak, mereka mengepung Nizhny Novgorod.
Pemberontak dalam perjalanan ke Moscow menghampiri Kolomna. Pada bulan Oktober 1606, Posad Kolomna diserang, tetapi Kremlin terus menentang. Meninggalkan sebahagian kecil pasukannya di Kolomna, Bolotnikov menuju sepanjang jalan Kolomna ke Moscow. Di kampung Troitskoye, daerah Kolomensky, dia berjaya mengalahkan tentera pemerintah. Pada 22 Oktober, tentera Bolotnikov ditempatkan di kampung Kolomenskoye berhampiran Moscow. Di sini dia membangun sebuah penjara (kubu), dan mulai mengirim surat ke Moscow dan berbagai kota, memanggil untuk mendukung Dmitry Ivanovich yang berdaulat yang sah dan membangkitkan orang-orang yang kurang beruntung dan orang miskin terhadap orang kaya. “Kalian semua, budak boyar, memukul boyarimu, mengambil isteri dan semua harta benda, harta tanah dan harta tanah mereka! Anda akan menjadi orang yang mulia, dan anda, yang dipanggil mata-mata dan tidak bernama, membunuh tetamu dan pedagang, membahagikan perut mereka di antara anda! Anda adalah yang terakhir - sekarang anda akan menerima boyars, deviousness, voivodeship! Cium semua salib ke Dmitry Ivanovich yang berdaulat yang sah! Oleh itu, jalan pasukan Bolotnikov disertai dengan pogrom yang mengerikan, orang-orang bertindak balas dengan ketakutan ke arah keganasan, berperang seolah-olah ada orang asing di sekitarnya (pasukan tsar di wilayah yang dilanda pemberontakan bertindak dengan cara yang serupa).
Milisi Bolotnikov terus berkembang, memisahkan detasemen, terutama dari hamba, yang, dengan serangan dan rompakan mereka, menjadikan ibu kota dalam keadaan terkepung, menonjol daripadanya. Pada bulan November, Cossack of Ileika Muromets bergabung dengan Bolotnikov. Dia adalah penipu lain, yang berpose sebagai Tsarevich Peter Fyodorovich, yang pada hakikatnya tidak pernah ada anak Tsar Fyodor I Ivanovich. Muscovites sudah siap untuk mematuhi Bolotnikov, meminta hanya menunjukkan kepada mereka Tsarevich Dmitry, dan bahkan memulakan rundingan dengannya. Bolotnikov yang gembira menghantar utusan ke Putivl. Seperti, biarkan "tsar" datang lebih cepat, kemenangan sudah dekat. Tetapi Dmitry tidak pernah muncul. Banyak yang mula menyatakan keraguan tentang keberadaan Dmitry dan pergi ke sisi Shuisky.
Sementara itu, Shuisky tidak duduk diam dan bersiap sedia untuk melakukan serangan balas. Pinggir bandar dan penempatan di Moscow dibentengi. Pasukan gabenor Skopin-Shuisky, Golitsyn dan Tatev menetap di pintu Serpukhov, dari mana mereka memerhatikan kem musuh. Komunikasi terjalin antara Moscow dan kota-kota sekitarnya, pasukan menjaga jalan raya. Pada bulan November, bala bantuan datang dari Tver dan Smolensk, yang sebagian besar terdiri dari bangsawan dan penduduk kota. Pada masa yang sama, Shuisky aktif berunding dengan bahagian kem pemberontakan yang mulia. Golongan Lyapunov dan Pashkov membenci Shuisky, tetapi mereka takut akan berlaku rusuhan.
Tentera Bolotnikov bertambah menjadi 100 ribu orang (pasukannya beroperasi di wilayah yang luas), tetapi kualiti pertempurannya jatuh. Di antara pemberontak, terdapat banyak budak, gelandangan, petani yang tidak mempunyai pengalaman bertempur, kurang bersenjata dan teratur. Cossack dan bangsawan - dua teras pertempuran tentera, mereka dihina. Namun, mereka juga saling menentang. Akibatnya, perpecahan berlaku dalam tentera Bolotnikov: satu kem terdiri daripada bangsawan dan anak-anak lelaki, yang lain - hamba, Cossack dan orang lain. Yang terakhir memiliki Ivan Bolotnikov sebagai pemimpin mereka, mantan - Istoma Pashkov dan saudara Lyapunov. Perselisihan timbul antara para pemimpin, sebagai akibatnya, pertama Lyapunov, dan kemudian Istoma Pashkov, pergi ke sisi Shuisky. Sementara itu, Shuisky, Moscow yang diperkuat secara menyeluruh, membentuk tentera baru dari milisi kota-kota lain. Sebagai tambahan, Shuisky memikat banyak bangsawan dari kem Bolotnikov, menjanjikan mereka hadiah dan pangkat.
Melihat keadaan semakin buruk dan pasukan Shuisky semakin bertambah, Bolotnikov memutuskan untuk menyerang. Pada 26 November, dia berusaha mengambil biara Simonov, tetapi dikalahkan oleh pasukan tsar di bawah komando seorang komandan muda dan berbakat, keponakan Tsar Mikhail Skopin-Shuisky. Pada saat yang menentukan dalam pertempuran, sebuah detasemen besar Pashkov meninggalkan kem pemberontak, ini memutuskan hasil pertempuran yang memihak kepada tentera tsar. Pasukan Bolotnikov ditempatkan di kem Kolomna. Skopin-Shuisky mengepung Bolotnikovites dan mula melepaskan tembakan. Tsar Vasily berusaha untuk mencapai kesepakatan dengan Bolotnikov sendiri, menjanjikan pangkat yang tinggi, tetapi pemimpin pemberontak itu menolak untuk berdamai. Setelah tiga hari tembakan artileri, tentera raksasa Bolotnikov tidak tahan dan melarikan diri. Sebahagian dari Cossack berlaku di kampung Zaborie, di mana pada 2 Disember pemberontak dikalahkan lagi. Cossack Ataman Bezzubtsev pergi ke sisi Skopin-Shuisky. Tsar Vasily memaafkan mereka. Selebihnya tahanan yang dibawa dalam pertempuran atau semasa penerbangan digantung atau terpegun dengan kelab, lemas. Bolotnikov melarikan diri ke Serpukhov, dan kemudian Kaluga, Ileika Muromets pergi ke Tula.
Oleh itu, pemberontak tidak pernah dapat mengambil alih ibu kota. Dalam pertempuran yang menentukan, kaum Bolotnikov dikalahkan oleh voivod tsar, yang difasilitasi oleh pengkhianatan dari detasemen mulia yang pergi ke sisi Tsar Vasily Shuisky.
Di Kaluga, Bolotnikov mengumpulkan kira-kira 10 ribu orang. Ia dikepung oleh pasukan tsar. Namun, komandan utama adalah saudara lelaki tsar, Ivan Shuisky. Akibatnya, pengepungan Kaluga berlanjutan dari Disember 1606 hingga Mei 1607. Pemberontak mempertahankan diri dengan terampil dan putus asa, menangkis serangan, membuat serangan yang berani, menyebabkan kerosakan besar pada pasukan tsar. Gabenor tsar memutuskan untuk membakar kubu kayu dan, setelah menggerakkan petani di sekitarnya, mulai memasok kayu bakar dengan mana mereka melapisi dinding. Namun, pemberontak menebak rancangan ini dan meletupkan "sapuan", membunuh dan mematikan sejumlah besar pejuang tsar. Pada masa ini, pemberontak lain berusaha membebaskan Kaluga, tetapi dikalahkan. Oleh itu, detasemen Mezetsky, yang dihantar dari Putivl oleh Shakhovsky untuk menyelamatkan Bolotnikov, dikalahkan oleh tentera Ivan Romanov di sungai. Vyrke.
Kemudian, pasukan Telyatevsky dan Pseudo-Peter cuba menerobos ke Bolotnikov. Pada 1 Mei 1607, Don dan Ukraine Cossack mengalahkan pasukan tsar di Sungai Pchelna. Dengan memanfaatkan kekeliruan di antara tentera pengepungan, Bolotnikov membuat serangan dan mengalahkan gabenor tsar, yang mundur, meninggalkan artileri dan kereta bagasi. Sebahagian pasukan tsar pergi ke sisi pemberontak. Hanya rejimen Skopin-Shuisky yang menarik diri dengan sempurna. Selepas itu Bolotnikov pindah ke Tula, di mana terdapat kubu batu yang lebih kuat, dan bersatu dengan detasemen pemberontak yang lain.
Kemudian Bolotnikov memulakan kempen ke-2 menentang Moscow. Namun, Tsar Vasily tidak duduk diam. Mobilisasi "penghormatan" orang ("penghormatan" - pahlawan yang dipanggil dari penduduk kota dan masyarakat petani) di seluruh negara diumumkan, dan secara peribadi memimpin tentera besar yang sedang dibentuk di Serpukhov. Pusat-pusat pemberontakan secara beransur-ansur menghancurkan. Perusuh dihalau pulang dari Nizhny Novgorod. A. Golitsyn mengalahkan Telyatevsky berhampiran Kashira. Kemunculan beberapa Peter yang tidak dikenali dan bukannya Damatry "tsar baik" yang diharapkan, yang melancarkan keganasan terhadap lawan, menyejukkan banyak, kota-kota pemberontak yang tenang, mengaku. Pada bulan Mei, tentera tsar bergerak ke arah pemberontak. Tsar itu sendiri mengambil bahagian dalam kempen tersebut, dan rejimen masing-masing diperintah oleh Mikhail Skopin-Shuisky, Pyotr Urusov, Ivan Shuisky, Mikhail Turenin, Andrei Golitsyn, Prokopy Lyapunov dan Fyodor Bulgakov.
Golongan Bolotnikov cuba memintas pasukan utama tentera tsar dan pergi ke Moscow, tetapi melewati Kashira, pemberontak bertemu dengan pasukan tentera tsar di Sungai Vosma. Pada 5-7 Jun 1607, pertempuran berlaku. Bolotnikovites mempunyai kelebihan dalam kekuatan - 30-38 ribu tentera. Namun, gabenor Tula mengkhianati Bolotnikov dan dengan 4 ribu. detasmen pergi ke sisi pasukan tsarist. Dan detasemen Lyapunov Ryazan masuk ke belakang tentera Bolotnikov. Ini menimbulkan rasa panik di kalangan orang Bolotnikov dan mereka mundur. Sebilangan pasukan Bolotnikov dipotong dan ditangkap, para tahanan dieksekusi. Selepas Pertempuran Vosemsk, tentera Bolotnikov dihalau kembali ke Tula.
Tsar Vasily Shuisky mengirim beberapa rejimen yang diketuai oleh Mikhail Skopin-Shuisky untuk Bolotnikov. Di pinggir Tula, Bolotnikov memutuskan untuk berperang di Sungai Voronya, para pemberontak menutup diri dengan serif dan untuk sekian lama menangkis serangan berkuda tsar. Kedua-dua pihak mengalami korban yang berat. Namun, para pemanah melakukan manuver bulatan, Bolotnikovites goyah dan berlari, banyak yang terbunuh semasa pengejaran. Bolotnikov kehilangan separuh tenteranya dalam pertempuran ini - kira-kira 20 ribu orang. Dengan yang lain, dia mengurung dirinya di Tula. Oleh itu, Bolotnikov mengalami kekalahan yang menentukan dan kehilangan inisiatif strategik.
Pada 30 Jun, Tsar Vasily sendiri bersama tentera utama menghampiri Tula. Orang-orang sezaman melaporkan bahawa tentera tsar berjumlah 100-150 ribu orang. Bolotnikov dan "Tsarevich Peter" tidak mempunyai 20 ribu orang lagi. Senjata pengepungan mula menembaki kota dari kedua tebing. Namun, Tula memiliki kubu kuat, dan Bolotnikov ditinggalkan dengan inti pemberontak yang paling cekap. Oleh itu, pengepungan itu berlaku sehingga Oktober 1607. Pada peringkat awal pengepungan, para pembela kota membuat serangan dan bertahan dengan berani. Semua percubaan para gabenor tsar untuk mengambil kota dengan ribut ternyata tidak berjaya.
Kemudian pasukan tsaris, atas idea Murom putra boyar Ivan Krovkov, memutuskan untuk menyekat Sungai Upu di bawah kota dengan sebuah empangan sehingga Tula akan ditenggelami air. Di tebing kanan, rawa, sebuah bendungan seluas kira-kira setengah batu didirikan, yang seharusnya mencegah sungai melimpah ke dataran rendah selama banjir musim gugur, tetapi menyebabkan kenaikan mendadak di permukaan air. Sesungguhnya, banjir musim luruh benar-benar memotong kota dari dunia luar, menjadikannya sebuah pulau rawa di tengah dataran yang benar-benar banjir. Banyak peluru rosak, serta bekalan bijirin dan garam yang disimpan di bilik bawah tanah. Tidak lama kemudian, kebuluran dan wabak yang teruk bermula di Tula, yang memperburuk pertentangan dalaman di kalangan pemberontak. Pemberontak berusaha meletupkan empangan itu, tetapi Kravkov yang sama memberi amaran kepada Shuisky, dan usaha itu gagal.
Bolotnikov menghantar utusan ke Mikhail Molchanov dan Grigory Shakhovsky lebih dari sekali semasa pengepungan, tetapi tanpa kejayaan. Dan Tsar Vasily menghadapi ancaman baru. Penipu baru muncul - Palsu Dmitry II, yang telah berjaya merebut tanah Severshchina, Bryansk dan Verkhovskaya. Bolotnikov ditawarkan rundingan mengenai syarat penyerahan bandar itu. Shuisky berjanji akan memelihara kebebasan bagi para pemimpin dan peserta pemberontakan. Perjanjian yang dicapai dimeterai dengan sumpah yang sungguh-sungguh, dan pada 10 Oktober 1607, Tula membuka gerbangnya kepada tentera tsar.
Tsar Vasily memperdaya para pemimpin pemberontakan. Shuisky bergegas mengumumkan bahawa pengampunan hanya berlaku untuk "tahanan Tula" biasa, dan bukan untuk pemimpin pemberontakan. Orang Tulyak benar-benar diampuni, para bangsawan yang memberontak keluar dengan pengasingan. Shakhovsky tersiksa seorang sami. "Tsarevich Peter" digantung. Bolotnikov dihantar ke Kargopol dan mati lemas. Banyak pemberontak biasa dihantar ke kota-kota, dan mereka yang berakhir di Moscow, tanpa suara dan debu, dicekik.
Oleh itu, pemerintah Moskow memadamkan perang petani, menggerakkan hampir semua cadangan dan bertindak balas dengan ketakutan terhadap keganasan. Namun, Shuisky, setelah membubarkan sebahagian besar tentera dan berpikir bahawa kekacauan akan berakhir, salah perhitungan. Semuanya baru bermula. Dmitry Palsu kedua muncul, di mana sisa-sisa Bolotnikovites bergabung. Poland menjadi aktif lagi.